Según el organigrama de la Fundación, el Patronato es el órgano de gobierno, representación y administración de la entidad. Por debajo de él en la toma de decisiones se encuentra el Presidente de la Fundación que ostenta la representación legal de la entidad. Luego está la figura del Director General que tiene a su cargo un Departamento anexo que es el de gestión, recursos humanos y planificación financiera, y otros tres Departamentos que completan el organigrama de la Fundación: el Departamento de tutela, el Departamento de recursos de atención social y el Departamento de economía social; de este último depende el Centro Especial de Empleo “Manantial Integra”. Cada uno de estos Departamentos cuenta con un director. Y dentro del Departamento de recursos de atención social, cada recurso cuenta con su propio director responsable. A su vez, en los distintos Departamentos de la Fundación existen otros responsables que se encargan de funciones más concretas.

Como puede verse en el organigrama, el Departamento de tutela está dividido en tres áreas: área jurídica, área administrativa-económica y área de intervención social. El Departamento de recursos de atención social también está dividido a su vez en tres subdepartamentos: atención residencial donde figuran las dos Miniresidencias de la Fundación y los Pisos Supervisados, rehabilitación psicosocial donde se encuentran los tres centros de rehabilitación Psicosocial (CRPS) de la entidad y soporte social donde se encuentra el Centro de día (CD). Por último está el subdepartamento de la rehabilitación laboral y apoyo en integración laboral donde se encuentran los dos Centros de Rehabilitación Laboral (CRL) de la Fundación coordinados con el Centro Especial de Empleo (CEE) “Manantial Integra”, que depende del Departamento de economía social.